Протипоказанням до МРТ є наявність металевих об'єктів та імплантантів у тілі (наслідки хірургічних операцій, травм та поранень).

Абсолютні протипоказання до МРТ:

      • наявність імплантованого водія ритму (кардіостимулятора);
      • наявність металевих предметів, що зміщуються в тілі.

Відносні протипоказання до МРТ:

    • вагітність протягом першого триместру
    • татуювання на основі феромагнітних барвників
    • наявність імплантованих вушних протезів
    • наявність гемостатичних клипсів після нейрохірургічних операцій
    • наявність штучних клапанів сердця